Durch die Endoskopie wird die Röntgendiagnostik zunehmend verdrängt. Für die folgenden Fragestellungen ist sie jedoch weiterhin eine sinnvolle Untersuchung.

Lageanomalien, Entzündungen (z. B. Magengeschwür, Fisteln...), funktionelle Störungen, Kontrolle nach operativen Veränderungen (Lumeneinengungen oder Undichte von Darmnähten...), Tumoren (gutartig oder bösartig) oder Raumforderungen durch umliegende Organe.

Nach der Aufklärung über Risiken und Nebenwirkungen werden die notwendigen Vorbereitungen besprochen.

Für die Untersuchung muss der Patient nüchtern sein, insbesondere für die Enddarmdiagnostik sind abführende Maßnahmen bzw. reinigende Einläufe am Tage vor der Untersuchung notwendig. Je nach Fragestellung wird eine muskelentspannende Medikation verabreicht. Das Kontrastmittel und ggf. Brausepulver bzw. Luft werden über den Mund, eine Magensonde oder ein Darmrohr appliziert. Abschließend erfolgt die Bilddokumentation. Eine Nachbehandlung ist nicht erforderlich.