Träger der Clemenshospital GmbH ist die  Misericordia GmbH Krankenhausträgergesellschaft in Münster.

Die Betriebsleitung der Clemenshospital GmbH setzt sich zusammen aus der Pflegedirektorin Schwester Marianne Candels, dem Ärztlichen Direktor Prof. Dr. Ralf Scherer (r.) und dem Geschäftsführer Gerhard Tschorn (l.).